Das Carl-von-Basedow-Klinikum umfasst 17 spezialisierte Kliniken und 5 Funktionsabteilungen an den Standorten Merseburg und Querfurt sowie eine Tagesklinik in Naumburg. Darüber hinaus gibt es eine Servicegesellschaft und ein medizinisches Versorgungszentrum. Das Kooperative Bildungszentrum für Gesundheitsberufe bietet fundierte Aus-, Fort- und Weiterbildungen. Der Pflegedienst bildet die größte Berufsgruppe am Klinikum. Das Ambulante Operieren ermöglicht flexible Behandlungen.