Alle operativen Fachabteilungen des Klinikums, wie Allgemein-, Viszeral- und Gefäßchirurgie, Orthopädie und Unfallchirurgie sowie Frauenheilkunde und Geburtshilfe nutzen die beiden OP-Bereiche in Merseburg und Querfurt. Darüber hinaus werden Leistungen für die Medizinischen Kliniken erbracht. Der OP-Bereich arbeitet also klinik- und fachübergreifend.