Diese Krankheit wurde ihm zu Ehren vier Jahre nach seinem Tod 1858 in „Basedowsche Krankheit“ umbenannt. Die drei Hauptsymptome erhielten die Bezeichnung „Merseburger Trias“.
Carl von Basedow starb am 11. April 1854 im Alter von 55 Jahren als Opfer seines Berufs an einer septischen Infektion. Er wurde auf dem Merseburger Stadtfriedhof beigesetzt, wo sein Grab noch heute besucht werden kann.